El choque en pleno vuelo se produjo porque las dos tripulaciones recibieron instrucciones contradictorias para evitar el cruce de trayectorias.
Mientras la computadora del sistema anticolisión de a bordo ordenó a un avión descender y al otro ascender, el controlador de tráfico aéreo en tierra, que operaba con radares degradados por mantenimiento, dio la orden manual a la primera nave de descender.